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合体機能をオミットした、マシンレッドの下位互換。プロトタイプは成長型が晩成タイプなので注意。
防御力はプロトタイプが上だが即死耐性が失われているためICBMが怖い。
クリスタルカラーのデータクリスタルが何故かレア度D。
余談だが、プロト系ボーグは全員ボディのどこかしらに共通のマーキング(黒白チェック模様の円)がなされている。芸が細かいですな。
エリアルの途中でフィニッシュした際、先行入力があるとものすごい勢いで前方にすっ飛んでから勝利ポーズを取る。